Ainda de acordo com os dados do recenseamento, a maioria deste tipo de explorações situa-se no interior, sendo de destacar as regiões do Alentejo, onde estão concentradas dois terços das produções biológicas agrícolas e também animal (84% dos suínos, 68,6% dos bovinos – 73 mil animais, um crescimento de 127% em 10 anos - e 68,2% dos ovinos), e Trás-os-Montes, região onde se situam 29,4% das produções biológicas.
A produção biológica certificada ocupa 210 mil hectares (5,3% da superfície agrícola nacional, 70% dela reservada a pastagem).